1) Is integrating plugins a common practice?

不是真的。通常，您会得到一个提供基本功能的主题。然后，您只能使用用于特殊用途的插件来扩展主题，如推特内容、活动日历等。

在我看来，这是有道理的。我目前正在开发一个非常瘦的主题，它有一些插件（OOP方法），可以作为插件交付，但没有捆绑。这些插件为分页、面包屑等提供模板标记。。。即使是带有post格式的循环。我喜欢只在用户真正需要时才提供功能的想法。例如，如果你使用WP作为商业主页的CMS，那么很少需要评论系统，那么为什么主题要提供这个呢？这种方法的另一个优点是：如果不需要，只需禁用插件，并用自定义内容交换模板标记即可。

这种方法的重要之处在于：不要直接放置那些模板标记。使用挂钩（&A）；过滤器包装在函数中，因此如果禁用插件，主题不会因为未定义的函数调用而崩溃。

2) What are the implications/complications in regards to auto-updating the theme/plugins?

这是我目前正在质疑自己的事情。我考虑了一个大规模的例行程序来检查主题和插件的更新，但总的来说：这毫无意义。在我看来，如果您只使用内置更新系统（或者如果您没有在官方repo上托管，则使用一些自定义类），那就更好了。原因：您只更新真正需要更新的内容。这节省了一些时间和精力，所以我甚至称之为“更环保”的方式。

（3）What would be the most optimized way of including each plugin without breaking pre-existing functionality?

在您的案例中，预先存在的功能究竟是什么？

WordPress的函数名大约有2500个函数可以根据请求读取。所以质疑if ( function_exists(\'whatever\') ) 从来都不是个好主意。最好使用唯一的名称@简·法布里有一个好主意：他在这里为所有的答案函数加上前缀wpse 和Q的编号-示例：wpse14277_function_name(). 4位或5位数字加上字母可能会保持唯一性。假设您在主题中有50个自定义函数，并针对每个请求询问它们2.500个（您可以自己计算）-这是不可行的
Edit:
如果您只想知道某个插件是否处于活动状态，请使用is_plugin_active() 条件标记。