问题#1

最好将次要/自定义循环与主查询分开，除非您的目标是修改主要循环。

（如果您需要进一步的指导，请告诉我，我会添加代码示例。我现在看不到您的pastebin内容。）

编辑我看到了几个问题：

你的main loop 内部secondary loop:

   <?php while ($featured_query->have_posts()) : $featured_query->the_post(); ?>
   <?php while (have_posts()) : the_post(); ?>

在打开主循环之前，您需要关闭您的特色帖子循环：

   <?php 
   // Open featured posts loop
   while ($featured_query->have_posts()) : $featured_query->the_post(); 

   // Close featured posts loop
   endwhile;

   // Open main loop
   while (have_posts()) : the_post(); 
   ?>

你有一个extra endif; 循环后：

<?php endwhile;?>
<?php endif; ?>
<div class="clear"></div>

你从不打电话if ( have_posts() ) 或if ( $featured_query->have_posts() ). 我会把你的while 的内部循环if 条件，但这取决于你。但如果你不这样做，那就把endif;

我要给你一块骨头，让你把肉加进去。您的代码应该如下所示：

<?php
// Define featured posts query
$featured_query = new WP_Query( array(
    \'posts_per_page\' => 3, 
    \'category_name\' => \'featured\'
) );
// Open featured posts loop
if ( $featured_query->have_posts() ) :

    while ( $featured_query->have_posts() ) : $featured_query->the_post();

        // Featured posts loop markup goes here
        ?>
        <div class="featureportfolio<?php echo $i++;?>">

            <?php etc... ?>

        </div>
        <?php

// Close featured posts loop
    endwhile;
endif;

// Reset post() data
wp_reset_postdata();

// Clear/spacer DIV
?>
<div class="clear"></div>
<?php

// Open the main loop
if ( have_posts() ) : 

    while ( have_posts() ) : the_post();

        // Main loop markup goes here
        ?>
        <div id="post-<?php the_ID(); ?>" <?php post_class(\'post format-standard\'); ?>>

            <?php etc... ?>

        </div>
        <?php

// Close main loop
    endwhile;
endif;
?>

请注意，无需致电wp_reset_query(), 因为我们没有触及主查询。